Aufgrund seiner zentralen geografischen Lage in Europa ist Deutschland an fünf Programmräumen - Alpenraum, Mitteleuropa, Nordseeraum, Nordwesteuropa und Ostseeraum - beteiligt und damit ein wichtiger Partner, der sich entsprechend stark engagiert. Über das "Bundesprogramm Transnationale Zusammenarbeit" werden Projekte mit besonderer strategischer Relevanz vom Bund finanziell unterstützt und politisch begleitet. Mit einem Budget von insgesamt knapp 3,8 Millionen Euro förderte das Bundesministerium für Verkehr, Bau und Stadtentwicklung (BMVBS) mit dem Bundesprogramm zwischen 2007 und März 2012 gut sechzig verschiedene INTERREG-B-Projekte aus allen fünf Programmräumen mit deutscher Beteiligung.

Das BMVBS unterstützt damit gezielt die Beteiligung deutscher Partner an europäischen Leitprojekten, wodurch vor allem die Europakompetenz von Städten und Regionen gestärkt und deren Einbindung in überstaatliche Netzwerke erreicht wird. Darüber hinaus gestalten die transnationalen Projekte die Prioritäten der europäischen Raumentwicklung mit und untersetzen die Territoriale Agenda 2020 und die Leipzig Charta durch konkrete Aktivitäten. Durch ihre Einbindung in nationale Raumentwicklungsstrategien leisten die Projekte auch einen entscheidenden Beitrag zur bundesdeutschen Raumentwicklung: Sie setzen gezielte Impulse für die Raumordnung und helfen dabei, wirtschaftliche Potenziale zur Überwindung struktur- und wirtschaftspolitischer Herausforderungen besser zu nutzen. Auch die Verbesserung der ökonomischen Situation in Städten und Regionen und die Einbindung privater Partner in die Raumentwicklung sind dabei von Bedeutung.